二級生物安全柜的一個*特征就是由垂直層狀薄片的(無定向的)HEPA過濾器過濾后，再安全柜內部形成向下流動的氣流。氣流不斷地沖能可產生空氣傳播感染的安全柜內部，從而避面存放在柜體內的樣品受到感染。這樣的氣流被稱作下沉氣流。
不同型號的二級生物安全柜的主要區別在于：排氣的比例以及氣體經過空氣高壓再循環的比例不同。另外，不同的二級生物安全柜具有不同的排氣方式：有的安全柜將空氣過濾后直接排到室內，有的是通過連接到通風管道上的套管或通過建筑物的排風系統排到建筑物外面。
1、如果生物安全柜已關閉，則鼓風機應在開始工作之前至少運行四分鐘，以使生物安全柜“吹掃”。吹掃將清除生物安全柜中的所有懸浮顆粒。
2、應使用70％的乙醇，1：100的家用Calcium hypochlorite稀釋液或其他適當的消毒劑擦拭工作表面，內墻，窗戶的內表面以及放置在生物安全柜中的材料。使用漂白劑時，需要用無菌水再次擦拭以去除殘留的氯，氯可能腐蝕不銹鋼表面。
3、開始工作之前，請將材料放在BSC中。這樣可以減少空氣幕破壞的次數。
4、BSC只能放置立即工作所需的材料和設備。
5、將工作流程安排為“干凈到臟”。
6、在開始工作之前，請確保窗扇返回到其原始位置。
7、緩慢地移入和移出手臂，以免打斷氣幕并危及安全殼。
8、將手/手臂放入內部后，應將材料處理延遲大約一分鐘。
9、所有操作應在距前格柵至少四英寸的工作面上進行。
10、將移液器收集在生物安全柜內，以避免頻繁的向內/向外移動。在清除生物安全柜內所有可能被污染的材料之前，請對其進行消毒。
11、限制房間內的其他活動（靠近生物安全柜的移動，步行的交通，打開/關閉房間的門），因為這也可能破壞生物安全柜的空氣屏障。
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